Aus bischöflichem Besitz kam Schönhausen nach der Reformation an die Kurfürsten von Brandenburg. Durch den 'Permutationsvertrag’ von 1562 wurde der Ort Eigentum der Bismarcks, die auch das Patronat über die Kirche übernahmen. In ihr befinden sich noch immer zahlreiche Erinnerungen an die Familie und auch eine ihrer Grablegen.
1642 wurde das Dorf im Dreißigjährigen Krieg durch die Schweden schwer zerstört. Noch bis in die 90-er Jahre des vergangenen Jahrhunderts zeugte ein tiefer Riss im Turm der Kirche von dieser Katastrophe. Um 1700 wurde das Schloss I, das spätere Geburtshaus des Reichsgründers vollendet und ab 1729 entstand das Schloss II. Außerdem prägen den Ort die vielen für diese Region typischen Vierseitenhöfe und der wieder schön instand gesetzte Barockpark mit seinen Sandsteinfiguren.
Nach dem zweiten Weltkrieg verloren die Bismarcks durch die Bodenreform zwar ihren Besitz, die Erinnerung an sie wurde aber trotz Sprengung des Schlosses nie ausgelöscht. So überraschte es denn auch nicht, dass nach der Wiedervereinigung Deutschlands 1990 neben der Sanierung von Straßen, Häusern und Wohnungen, der Neuansiedlung von Gewerbe und der Schaffung attraktiver Sport- und Freizeiteinrichtungen immer auch die Pflege der Geschichte und ihrer Erinnerungsorte eine große Rolle gespielt haben. Heute zeigt sich Schönhausen als ein Ort mit hoher Lebensqualität, der seinen zahlreichen Besuchern viel zu bieten hat.